寛文12年(1672年)開創　本寺である林叟院13世益山文州師が隠居として移り住んだのが始まりと言われている。
その後、林叟院を退董(引退)された住職が長福寺で隠居として余生を過ごすことが続いたが安政６年(1859年)興庵恵宗師の時に、林叟院24世海雲活隆師を法地開山、林叟院26世祖海徹宗師を二祖として寺格を法地に格上げした。