報恩寺は、1249年(建長元年）、宋から帰国した臨済宗の神子榮尊禅師により建立されました。開基は、神子禅師の父、平康頼公と伝わっていますが、神子禅師の父親は安徳天皇という説もあります。当初は、現在地の裏山に伽藍を構え、同じく神子禅師が建立した佐賀大和の万寿寺の末寺として臨済禅の布教教化の拠点となっていましたが、焼失してしまい荒廃していたところ、鍋島直弘公により曹洞宗のお寺として再建されました。神子禅師は雷神を教化したという伝説があり、毎年4月28日に雷除けのお祭りを催しています。